すき間のある方が早く入りました

水の入り方にちがいがありそうです。
ゴムせんがぴったりはまっている方の水の入り方を見てみましょう。

ろうとの中にボコッとあわが出たときに、フラスコの中に水が入っています。
このあわは空気です。
ペットボトルの中の空気が、水が入るのを「じゃま」して入りにくくなっているのです。
すき間がある方は、そこから空気が出ていくので、水は空気に「じゃま」されず、どんどん入っていくのです。