ろうとの中にボコッとあわが出たときに、フラスコの中に水が入っています。
このあわは空気です。
ペットボトルの中の空気が、水が入るのを「じゃま」して入りにくくなっているのです。
すき間がある方は、そこから空気が出ていくので、水は空気に「じゃま」されず、どんどん入っていくのです。